Obec je písomne doložená od roku 1113 ako Syrinc, neskôr Mali Csitíny (1773), Malý Citýň (1920), Malý Cetíň (1927). Obec patrila zoborskému kláštoru, od 15. storočia ostrihomskému arcibiskupstvu, ktoré ju od 16. storočia najímalo zemanom z Veľkého Cetína. V roku 1554 ju okupovali a vypálili Turci. Pôvodne jestvoval iba jeden Cetín. Na Malý a Veľký sa rozdelil niekedy pred r. 1616.
Obyvatelia sa zaoberali poľnohospodárstvom. Jednotné roľnícke družstvo bolo založené v roku 1951. Územie dnešného Malého Cetína patrí medzi najstaršie, trvalo osídlené regióny Slovenska. Hoci sa od roku 1960 stal Malý Cetín, po zlúčení s Čechyncami, súčasťou novovzniknutej obce Nitrany, v minulosti boli osudy tejto obce oveľa viacej späté zo susedným Veľkým Cetínom.